关东与关西在无人察觉的情况下暗中争夺霸权。忍者潜伏在阴影中。关西忍者后裔不断骚扰关东。与此同时，四名转学生抵达东京的一所女子高中。她们的真身是被派去保护东京的忍者后裔——JK忍者女孩！